なぜ Java の配列は共変で、Generics は共変ではないのか

まず、Java の配列がタイプセーフではない話。

public class ExampleArray {

    public static void main(String[] args) {
        String[] strArray = {"test1", "test2"};
        Object[] objArray = strArray; // 配列は共変なので代入可能

        objArray[0] = new Integer(3); // java.lang.ArrayStoreException
    }
}

上記のように、Java の配列は共変という性質を持っているので、Object[] に String[] を代入することができます。つまり、String[] は Object[] のサブクラスである、ということです。
しかし、Generics の場合は、この性質が当てはまりません（Generics は共変ではない）

public class ExampleGenerics {

    public static void main(String[] args) {
        List<String> strList = new ArrayList<String>();
        strList.add("test1");
        strList.add("test2");

        List<Object> objList = new ArrayList<Object>();

        objList = strList; // コンパイルエラー
    }
}

なぜ、配列は共変で、Generics は共変ではないのか？（一緒の方が分かりやすいのに）

その理由の前に、
配列の例で見たように、型の混入現象は、強い型付け言語である Java としては避けたい現象です。
配列の場合は、不正な型が混入した場所で例外（java.lang.ArrayStoreException）を投げてくれます。
（これは、結構大事な所で、使用時(get)ではなく、設定時(set)にきちんと例外を投げてくれると、バグの混入場所が特定しやすいです）
なぜこんなことができるかというと、配列は自分が何の型であるかを自身で知っている(バイトコードに型情報が存在する)ので、違う型を入れたときに、自分と違うということが判定できるのです。

一方、Generics の場合はコンパイル時に型消去という操作が行われます。
型消去については、別エントリーでも書いてます（Generics（Java）の型消去について）

Generics のコードは、コンパイル後にはその型情報を一切残していないので、java.lang.ArrayStoreException のような例外を投げることができません。
そのため、共変ではなくして、型の混入を防いでいるのではないかと思います。

Generics で共変っぽいことをしたい場合は、extends とかの境界条件をつければ可能です。